Em 2035, um incidente conhecido como "The Burst" ocorre em um centro de pesquisa japonês, dando origem à "Matéria" em rápida expansão, consumo e autorreplicação. "Percorrendo os restos de barragens e instalações militares no Desfiladeiro de Kurobe, a Matéria hostil é sitiada por forças-tarefa que tentam impedi-la de chegar ao oceano e mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob vigilância médica constante depois de ser resgatada da Matéria. Ela passa os dias à espera da sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, seu cotidiano na escola é perturbado pela chegada da aluna transferida Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que, de repente, não precisa mais da cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que só ela detém a chave para acabar com The Burst. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação ao coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar ao redor deles. Para escapar da conspiração que se move contra eles, a dupla deve enfrentar a Matéria - um inimigo que flui como água. [Escrito por MAL Rewrite]